Povestea Bisericii Sf. Ecaterina începe în Evul Mediu. Amplasată în exteriorul Cetății Timișoarei, acesta va fi transformată în moschee în perioada otomană, iar odată cu cucerirea habsburgică din secolul al XVIII-lea, aceasta va fi resfințită și redată pentru scurt timp Ordinului franciscan.
Dezvoltarea bastionară a cetății Timișoarei va interfera cu edificiul medieval, astfel că biserica va fi demolată în anul 1757. În schimb, franciscanii vor primi teren în interiorul cetății, unde vor ridica o nouă biserică barocă, piatra de temelie fiind pusă în anul 1753. La finalul secolului al XIX-lea, biserica va fi integral reconstruită, după planurile celebrului arhitect Camillo Sitte, perioadă din care datează și turnul actual. Fiind integrată în frontul stradal al unei străzi puțin circulate, Biserica Sf. Ecaterina reprezintă una dintre comorile arhitecturale ascunse ale Timișoarei. Astăzi, biserica deservește comunitatea slovacă catolică din oraș.
